Das ging früher und ich bin mir sicher, dass es nur ein Bug im Editor ist. Allerdings einer der jetzt schon seit Jahren existiert...
Jedesmal, wenn du etwas in den Projektoptionen änderst, werden die Ziffern durch _ ersetzt. Wenn du die Zahlen unbedingt erhalten willst, kannst du jedoch ganz einfach die gbap-Datei manuell editieren (in einem Editor öffnen und GLBASIC APP_NAME anpassen), die Ziffern bleiben dann erhalten, bis du das nächste mal etwas in den Projektoptionen änderst.