Para cambiarlo de sitio solo tienes que modificar estos valores:
self.view.frame = CGRectMake(0,480-50, 768, 50); // create a space at the bottom of the screen for the adbanner for portrait iphone only
bannerView.frame=CGRectMake(0,480+50, 768, 50); // put it offscreen below the bottom so it will animate (move) upward on to the screen when initialized.
Pero cuando se coloca en la parte inferior no funciona del todo bien, al hacer clic se ve el anuncio, pero cuando se regresa, el banner sale en la parte superior y se bloque la pantalla, tan solo permite volver hacer clic en el anuncio (lo cual no viene mal

)
Para ocultar el banner, yo nunca lo he hecho, se tiene que poder porque en el código de matchy están implementadas las funciones de ocultar y mostrar banner, pero no sé como se llaman a esas funciones. Quizás deberias plantear tu duda aquí
http://www.glbasic.com/forum/index.php?topic=4664.0Suerte